良太开船去找男孩失踪的哥哥，遇到暴风雨漂流岛一座岛上，在那岛上发现了龙虾怪兽伊比拉，还有在岛上中止一项不为人知方案的巧妙组织红竹，正巧碰到一位女原住民，经过她的协助下四人潜入红竹的基地，竟发现哥斯拉在岛上的洞穴中休眠…….